Lorsque Saint-Louis décida de partir en croisade pour la première fois, il ne possédait aucun port sur la Méditerranée : Marseille appartenait à l'Empire, Montpellier aux comtes de Toulouse ; il choisit donc Aigues-Mortes. Saint-Louis aménagea un port dans ces marais considérés comme malsain et, en 1246, il édicta une charte de franchise accordant à tous les nouveaux résidents la protection royale et l'exemption de tout impôt. C'est alors que les maisons distribuées en îles s'érigèrent rapidement autour de l'église. Les remparts ne furent construits que plus tard, sous le règne de Philippe le Hardi, fils de Saint-Louis.

Le chenal le Grau Louis menant à la mer permit au commerce de se développer. Le trafic était même intense : les galées apportaient du poivre, des épices, de la soie de Gênes ; des cordes, filets, poteries, meules de moulins d'Espagne ; du sucre, de la confiture du Liban.

C'est donc par le grau Louis que le Roi de France et son épouse, Marguerite de Provence, prirent la mer à destination de Chypre, première étape sur la croisade, en 1248. L'organisation des équipages était parfaite : chaque membre était muni, pour son confort personnel, d'un coffre qui servait à la fois de malle, de couchette, et en cas de décès, de cercueil ! Le règlement exigeait en outre que chacun possédât un tonneau d'eau douce, une lanterne et... un pot de chambre.

En 1270, Saint-Louis partit à nouveau d'Aigues-Mortes pour Tunis. Là-bas, malheureusement, il mourut peu après de la peste.